К территории Программы Добрососедство Еврорегион Карелия относятся Губернии Северной Эстерботнии, Кайнуу и Северной Карелии с финской стороны и Республика Карелия со стороны Российской Федерации. В проектах могут принимать участие представители примыкающих к программе территорий: Губерний Финляндии Северное Саво и Лаппи, но деятельность таких проектов должна быть связана с основной территорией Программы.

По первому направлению территориями для сотрудничества в проекте могут дополнительно быть Санкт-Петербург и Ленинградская область, а также Мурманская и Архангельская области. Но даже такие проекты, как правило, должны быть связаны и с Республикой Карелия.